Die Phylogenese (altgriechisch: phýlon = Stamm, génesis = Ursprung) bzw. auch als Stammesgeschichte, Stammesentwicklung oder Phylogenie bezeichnet – ist sowohl der Ursprung einer Art, Familie, Klasse, Stamm und anderer Rangstufen der biologischen Systematik – als auch deren Abstammung, Verwandtschaft und Entwicklungsgeschichte.
Die Wissenschaft zur Erforschung der Stammesgeschichte wird als Phylogenetik bezeichnet. Innerhalb dieser Teildisziplin der Genetik werden beispielsweise Fossilien untersucht, um anatomische und morphologische Gemeinsamkeiten festzustellen. Dazu werden Genome verglichen, um Verwandtschaftsgrade festzustellen, welche durch die Evolution bereits erkannt bzw. vermutet worden sind. Fossile Lebewesen mit gleichen Merkmalen und gleicher Abstammung lassen sich dadurch – anhand der Rangstufen, welche die biologische Systematik vorgibt – in Klassen, Ordnungen usw. einteilen.
Zusammen mit der Ontogenese, welche die Entwicklung des einzelnen Individuums beschreibt, bildet die Phylogenese eine biogenetische Grundregel. Diese wurde zwischen 1866 und 1869 von Ernst Haeckel aufgestellt und besagt:
„Die Ontogenese rekapituliert die Phylogenese.“
Das bedeutet, dass man anhand der Embryonalentwicklung des Individuums die ganze Entwicklung des Tierstamms nachverfolgen kann.
Die Stammesgeschichte des Menschen beginnt vor 4,6 bis 6,2 Millionen Jahren, als der letzte gemeinsame Vorfahre des Schimpansen und Menschen den Weg für zwei separate Evolutionslinien ebnete. Seither gehen Mensch und sein nächster lebender Verwandter, der Schimpanse, getrennte Wege. Mit diesem neuen Weg war die Geburtsstunde der Hominini eingeläutet wurden. […]